Les trousses diagnostiques des virus HPV

De nombreux outils permettant le diagnostic des infections à HPV sont désormais disponibles sur le marché. Tous ne reposent pas sur la même technologie, et tous n’apportent pas le même niveau de réponse, selon qu’un génotypage est réalisé d’emblée ou pas.
Le choix d’une technologie reposant sur le dépistage combiné au génotypage des souches 16 et 18 devrait s’imposer au détriment des technologies basées sur le dépistage seul.

La réalisation d’un test HPV est prise en charge par l’assurance maladie, en France, et ce dans le cas d’un frottis de dépistage du cancer du col de l’utérus de type ASC-US (Atypical Squamous Cells of Undertermined Significance). Ce test est réalisé aussi bien dans les Laboratoires de Biologie Médicale que dans les structures d’anatomie et cytologie pathologiques depuis
2009. En 2014, l’enquête effectuée par le Centre National de Référence des HPV, a relevé que plus de 100 000 tests étaient réalisés annuellement (1). Les trousses diagnostiques permettent soit la détection sans génotypage des HPV, soit une détection combinée à un génotypage partiel, soit un génotypage complet du virus concerné. La majorité des laboratoires a fait le choix de trousses apportant de façon combinée la détection et le génotypage partiel des HPV

Discussion
La détection des virus HPV repose sur la mise en évidence de matériel génomique viral dans l’échantillon cervical, avec ou sans amplification de la cible génomique. Un seul test repose sur la détection de l’ARN viral, il s’agit de la trousse Aptima® (Hologic), alors que l’ensemble des autres trousses repose sur la détection de l’ADN viral, ce qui est en adéquation avec les recommandations de la Table de Nomenclature des Actes de Biologie Médicale. Trois trousses sont dessinées pour la détection sans génotypage. Il s’agit de Aptima® et Cervista® (Hologic), et Hybrid Capture test HC2® (Qiagen). Elles permettent la recherche des souches Haut Risque (HR) 16, 18, 31, 33, 35, 51, 52, 56, 58, 59, 66 et 68. La réponse obtenue est donc « absence » ou « présence » d’HPV HR, sans génotype associé.
Quatre autres trousses permettent dans le même temps analytique de rechercher le virus HPV et de répondre partiellement sur le génotype en cause. Il s’agit de RT HR HPV (Abbott), Cobas 4800 (Roche), Xpert HPV (Cepheid), BD Onclarity HPV Assay (BD). Ce dernier test proposé par Becton Dickinson, propose le génotypage des HPV 16 et 18, mais également celui des génotypes 31, 45, 51 et 52. Les caractéristiques de ces tests sont résumées dans le tableau ci-dessous.

trousses-1

La réponse obtenue avec les trousses de type détection+génotypage partiel combiné sera alors du type « absence d’HPV HR » ou « présence d’HPV de type 16 » ou « présence d’HPV de type 18 » ou « présence d’HPV HR appartenant au panel suivant : 31-35-39-45-51-52-56-58-59-66-68 ». Ce qui pour le gynécologue est beaucoup plus informatif que la réponse apportée par les trousses de détection seule (2,3).

Enfin, sept trousses permettent le génotypage de souches HPV de Haut et Bas Risque. Ces trousses donnent donc l’information du génotype impliqué, et ce pas uniquement pour les souches 16 et 18. Seules deux trousses commercialisées ne comportent pas un contrôle interne de qualité de l’échantillon permettant de vérifier que l’échantillon analysé contient une quantité adéquate d’acides nucléiques. Il s’agit en pratique d’une détection d’ADN ou d’ARN humain qui garantit la qualité des étapes de prélèvement et d’extraction du matériel génomique. Les deux trousses qui n’offrent pas cette sécurité sont Aptima (Hologic) et HybridCapture2 (Qiagen).

Concernant la qualité de l’échantillon, une donnée essentielle à prendre en compte est la compatibilité du milieu de recueil-transport avec la trousse diagnostique qui sera utilisée. Le tableau 2 tiré du CNR HPV résume ces compatibilités du binôme milieu/technique HPV mis en oeuvre (4) :

trouses-2

 Tableau 2: Milieux de transports utilisables en fonction de la trousse diagnostique utilisée

Le dernier point sensible à maîtriser est la stabilité de l’échantillon après recueil et avant analyse, qui excède rarement 2 semaines en cas de conservation à température ambiante.
Les indications en France des tests HPV sont très limitées et encadrées par la nomenclature des actes de biologie médicale, dans la mesure où seuls les frottis de type ASC-US devraient bénéficier de cette recherche.
Toutefois, l’enquête réalisée en 2014 par le CNR HPV a montré que le test était également réalisé dans le cadre d’une pathologie du col utérin, dans le bilan des lésions malpighiennes intraépithéliales de bas ou haut grade, ou pour le suivi après conisation. Plus rarement, il peut être proposé dans le cadre d’une prise en charge d’une lésion anale ou des voies aérodigestives supérieures. Cette recherche fait désormais partie des recommandations britanniques dans le cadre des cancers oropharyngés (5).

Conclusion
Le choix de la trousse de détection des HPV doit se faire sur des critères objectifs en termes d’organisation par le LBM ou la structure ACP. Les éléments à prendre en compte sont liés aux performances de la trousse et de l’automate choisis, mais surtout l’attente des prescripteurs vis-à-vis du génotypage. Des recommandations pour la standardisation de la validation des tests commercialisés ont été récemment proposées (6). Elles vont aider les biologistes dans leur choix technologique. Le respect des préconisations des fournisseurs de milieux de recueil, vis-à-vis des techniques de biologie moléculaire en jeu, est essentiel, pour fournir une réponse fiable et standardisée. Ce point est particulièrement contrôlé lors des audits réalisés par le COFRAC dans le cadre de l’accréditation des LBM selon la norme NF EN ISO 15189, tout comme le délai écoulé entre le prélèvement et la réalisation de l’analyse.

Les auteurs Gian-Luigi Cartolano, Laurent Zérat et Alain Dalleac déclarent n’avoir aucun lien d’intérêt pour cet article.

RÉFÉRENCES
1. Enquête sur la pratique des tests HPV en France. Heard I, Arowas L, Cochand-Priollet B, Bellocq J-P. Feuillets de Biologie 2015 Mars 323: 23-29
2. Prevalence of high-risk human papilloma virus genotypes and associated risk of cervical precancerous lesions in a large U.S. screening population: data from the ATHENA trial. Monsonego J, Cox JT, Behrens C, Sandri M, Franco EL, Yap PS, Huh W. Gynecol Oncol 2015 Apr, 137 (1): 47-54
3. Performance of carcinogenic human papillomavirus (HPV) testing and HPV16 or HPV18 genotyping for cervical cancer screening of women aged years and older: a subanalysis of the ATHENA study. Castle PE, Stoler MH, Wright TC Jr, Shama A, Wright TL, Behrens CM. Lancet Oncol 2011 Sep; 12(9): 880-90
4. Centre National de Référence des Papillomavirus Humains Brochure à l’usage des professionnels de santé. Heard I, Laude H. Férvrier 2016
5. Oropharyngeal cancer: United Kingdom national multidisciplanary guidelines. Mehanna H, Evans M, Beasley M, Chatterjee S, Dilkes M, Homer J, O’Hara J, Robinson M, Shaw R, Sloan P. J Laryngol Otol 2016 May; 130(S2): S90-S96
6. VALGENT: A protocol for clinical validation of human papillomavirus assays. Arbyn M, Depuydt C, Benoy I, Bogers J, Cuschieri K, Schmitt M, Pawlita M, Geraets D, Heard I, Gheit T, Tommasino M, Poljak M, Bonde J, Quint W. J Clin Virol 2016 Mar, 76 Suppl 1: S14-21